Far Cry Instincts Predator рассказывает о человеке по имени Джек Карвер. Карвер — бывший военнослужащий ВМС США, который был уволен со службы после ряда противоправных действий. После этого он открывает магазин в Манхэттене и начинает незаконные поставки оружия всем и каждому, банды устраивают разборки, используя оружие, поставляемое Джеком, против наследника мафиози. Следовательно, гангстерам была поставлена цена — голова, и он был вынужден бежать из Соединенных Штатов и поселиться в Микронезии.
Карвер покупает подержанную яхту из правительственного аукциона и коротает своё время, переправляя туристов из дайвинг-клубов. В один прекрасный момент, девушка по имени Валери Кортез даёт большую сумму, если Джек переправит её на удалённый архипелаг, известный как «Якутан». Карвер соглашается, но с некоторой осторожностью.
По прибытии в Якутан, Кортез «заимствует» реактивные лыжи у Джека и высаживается на остров. Не беспокоясь, Джек решает вздремнуть, пока она вернется. Но Карвер просыпается, услышав, а затем и увидев вертолёт UH-60 Black Hawk, летающий вокруг его лодки. Он открывает по нему огонь, уничтожая его лодку, и заставляя его укрыться в близлежащим разрушенном японском авианосце.