Игрок берёт на себя роль Курсанта. После падения на планету BG-386 героя контузит, он теряет сознание, а затем приходит в себя в подвале и обнаруживает, что практически вся его команда мертва. Курсант находит Текилу, капрала отряда. С ней связываются остальные десантники, которые закрылись в клубе. Она отправляет им на выручку Курсанта. Курсант находит остатки отряда почти разгромленными. К ним на помощь продвигается второй отряд, однако ксеноморфы внезапным нападением уничтожают их всех. Курсанту приходится быстро отступать, но ксеноморф хватает его и тащит в улей. Курсант приходит в себя в шахтах и выбирается наверх. Он распределяет энергию по периметру и проникает на завод. В комнате управления он активирует терминал. Текила посылает его к точке эвакуации, сообщая, что нашла ещё живого Ван Зандта на нижних уровнях завода. Курсант находит заражённого майора в улье и убивает его. Продвигаясь вглубь улья, Курсант находит Королеву Чужих, с которой сражается и затем сжигает. После уничтожения Королевы Курсант покидает улей и выбирается наружу. На базе в джунглях Курсант находит лишь трупы. Текила велит ему запустить передатчик и дождаться эвакуации. Во время эвакуации корабль десантников сбивает корабль Хищников. На связь с Курсантом выходит администратор WEYLAND-YUTANI по имени Катя. Она просит Курсанта добыть для неё некоторые данные, получив которые она поможет спасти его друзей. Курсант выполняет поручение и движется к пещерам, в которых находится подбитый корабль десантников. В пещерах Курсант находит древние руины, по-видимому, построенные Хищниками. Придя на место крушения корабля, он находит последних выживших десантников. Курсант идёт дальше, но его атакует Хищник, с которым десантник вступает в бой и побеждает. Дальше, в глубинах руин, Курсант находит Текилу, заражённую Лицехватом. Вместе с девушкой Курсант проникает в лабораторию Вейланда. В лаборатории Курсант и Текила встречают андроида Катю, которая пытается извлечь личинку ксеноморфа из грудной клетки Текилы, но терпит неудачу и принимает решение положить Текилу в анабиозную камеру, для того чтобы оказать ей помощь позднее. Затем Катя просит Курсанта спуститься в пирамиду и забрать коммуникатор Карла Бишопа Вейланда, с помощью которого можно будет вызвать его личный крейсер и спастись с планеты. По пути к лифту Курсант встречает и убивает преторианца, элитного "гвардейца" ксеноморфов, после чего спускается к пирамиде.